У другій половині ХІХ століття дивовижно шквидко відбувся зріст та розширення Київського Троїцього Іонівського монастиря. Засновний - преподобний Іона.

У 1927 році монастир був закритий, а в 1934 році була закрита і Троїцкая церква. Згодом установлений тут Ботанічний Сад АН України використовував храм під склад будматеріалів, лабораторію, планував переобладнати приміщення під панорамну експозицію. У таких умовах настінні розписи руйнувалися від механічних пошкоджень і погодних умов, оскільки приміщення не опалювалося, вікна були вибиті, крізь дах лив дощ і падав сніг.

У 1992 році храм був переданий православній общині, і в ньому поновилися богослужіння.