Необыкновенным явлением в жизни всей царской России второй половины 19 ст. явилось основание и быстрый рост Киевского Свято-Троицкого монастыря, который за полвека по известности стал вровень с древними обителями. Само устроение и дух монастыря неразрывно связан с личностью его основателя - преподобного Ионы (в миру Иоана Мирошниченко, родившегося в Кременчуге).

Вначале монастырь был скитом Киево-Печерской лавры. В 1934 г. обитель закрыли, Покровский храм – разрушили. В 1942 г. монастырь открылся и действовал до 1949 г. Но и после закрытия на его территории жили монахи, работавшие в ботаническом саду. В это время в Свято-Троицком соборе размещались лаборатории, а затем – склад и свалка ботанического сада.

В 1995г. одновременно с канонизацией о.Ионы монастырю возвратили статус самостоятельного.