Головний храм монастиря побудовано в 1715 році за наказом київського генерал-губернатора Д. Голицина. У ХІХ столітті звели дзвіницю. Оскільки поряд був великий собор на честь Миколи, то Пустинно-Микільський монастир стали називати "Малим Миколою". Зруйновані будівлі у 1934 році. Зараз на цьому місці житловий будинок та станція метро Арсенальна