Храм расположен в приспособленном помещении на первом этаже поликлиники №2 Днепровского района. На Подоле, на Покровской улице, была церковь великомученицы Варвары. Она размещалась на втором этаже колокольни храма святого Николая «Доброго» (построен в 1807 г. на месте древнего, существовавшего с XVI в.; храм разрушен в 1930-е гг.).
Возрождать храм святой Варвары стали на Березняках. На престольный праздник, 4/17 декабря 1998 года, освятили приспособленное помещение в поликлинике. 5/18 сентября 1999 года состоялась первая служба. Планируется строительство «типового» храма в районе Днепровской набережной, на Березняках.