Настоятель храма прп. Феодора Освященного, что на Лукьяновке (разрушен в 1930-е гг.) о. Константин Терлецкий задумал построить на территории своего прихода, на горе Юрковица, церковь-школу во имя сщмч. Макария. 16 мая 1896 г. был крестный ход и освящение места для строительства храма. 1 мая 1897 г. (в этот день отмечали 400-летие мученической кончины св. Макария) состоялась закладка храма. При строительстве был срезан остроконечный пик Юрковицы. С Байкового кладбища пожертвовали деревянное здание храма свт. Димитрия Ростовского (ибо там уже был выстроен каменный Вознесенский храм). 30 ноября 1897 г. состоялось освящение храма. Позже для школы выстроили отдельное здание, а храм немного расширили.
В 1922 г. было закрыто приходское Киево-Юрковецкое Свято-Макариевское братство. Настоятеля храма о. Никодима Яновского в 1937 г. арестовали, а в 1938 г. – расстреляли. В 1938 г. храм закрыли (в 1939 г. – сняли купола) и превратили в шорную фабрику. В здании закрытой церковно-приходской школы разместили жильцов, а в приюте – тубдиспансер.
В сентябре 1941 г. фашисты оккупировали Киев и в храме разместили склад фуража кавалерийской части. В конце 1941 г. немцы перенесли склад в другое место и разрешили открыть храм. В феврале 1942 г. начались богослужения и более храм не закрывался. По благословению Митр. Киевского Иоанна (Соколова) в 1951 г. храм был освящен и получена частица мощей сщмч. Макария для аналойной иконы.
1 мая 1997 г. торжественно отмечали 500-летие мученической кончины св. Макария и 100-летие храма.