Експонати музею знайомлять з історією міста від найдавніших часів до сучасності. Деяка частина експозиції знаходиться в окремих музеях, наприклад, Музей Культурної спадщини, Музей Шолом-Алейхема. 

Музей раніше знаходився в Кловському палаці. Новий музей Історії Києва перебуває на трьох поверхах будівлі площею 3 тисячі квадратних метрів.