В целом собор и основные постройки монастыря с Академией благополучно достояли до поры революционных перемен. К началу ХХ века Богоявленский собор, правда, был отчасти закрыт от площади двумя этажами каменных монастырских лавок, пристроенных с обеих сторон стройной колокольни. Что поделаешь, и в те времена коммерция тоже серьезно влияла на архитектуру.
А в 1935 году старинному собору пришел конец. Территорию бывшего монастыря тогда поделили между библиотекой Академии наук и медицинским учреждением. Их корпуса не тронули, но жемчужину украинского барокко решили снести как "идейно чуждое" строение - колокольня и Братский собор были уничтожены. Сейчас на месте колокольни третий корпус НаУКМА.