Особняк был возведен для вдовы Ватутина по инициативе Хрущева. Еще до революции на этом месте стояла Вознесенская церковь, разобранная в 1930-х годах воинствующими атеистами. Сейчас от церкви остались одни ворота.
Татьяна Романовна Ватутина после смерти мужа поначалу решила переехать в Киев на постоянное место жительства, поближе к могиле супруга – генерала похоронили в Мариинском парке. Для строительства особняка в 1946 году изначально выделили участок на улице Десятинной, но против этого проекта выступили археологи – территория предполагаемого строительства относилась к государственному историческому заповеднику. Тогда дом выстроили здесь. Автором проекта был Анатолий Владимирович Добровольский – он потом построил в Киеве множество зданий в стиле «сталинского барокко»